天上掉下一本笔记本，上面写着“名字被写到本子上的人会死”。一般人捡到都会一笑了之吧，但由于好奇心作祟，抱着“傻一回”的想法去试试的还是大有人在。主人公夜神月很“不幸的”的捡到了这样的笔记本，更不幸的是死亡笔记的的确确能够置人于死地。

望着腐朽的死神界，黑死神琉克觉得死神界相当无聊，便找个理由去了人间界。这个理由就是将自己前不久捡来的另一本死亡笔记丢到了人间界。同样的，夜神月也觉得人间界烂得够彻底，拿到笔记后，创造新世界的想法破茧而出。坏人如果一个个死去，世界会一点点的变好。一个单纯的想法，让故事变得越来越有趣。

大量罪犯因为心脏麻痹离奇的死亡引起了警方重视，L最终参与到了解决这个事件中来。当我们还在纠结用死亡笔记杀人是不是犯罪的时候，世界第一侦探L站出来说要侦破这个毫无头绪的案件。对于这个突破人类常识的案件，L调查的效率却是惊人的，短时间内确认了犯人的国籍和身份。高超的手法和缜密的推理，让夜神月觉得很棘手。夜神月和L两人都讨厌失败，为了找出对方他们互相挑衅。夜神月不断的曝露自己的线索，引L上钩。

L根据夜神月留下的线索不断的调查，将嫌疑人的范围不断缩小，当然夜神月也在其中。FBI的搜查官被派遣到日本调查这些L指定的嫌疑人。夜神月感觉到了威胁，决定除掉监视自己的FBI，有了死亡笔记，他只需要得到FBI的名字就行了。重新查看了一遍死亡笔记使用规则后，夜神月找到了除掉监视者的方法。夜神月利用一个通缉犯自编自导自演了一场公车抢劫案，跟踪夜神月的FBI在情急之下出示了自己的证件，这个叫Raye Penber的FBI离死期不远了。一个星期后，夜神月再次与Raye Penber接触，以基拉的身份威胁他，让他在自己准备好的纸张上写下他上司的名字。他的上司将所有来日本的FBI的资料群发了过来，夜神月又让Raye Penber写下这些FBI的名字。Raye Penber不知不觉中用从死亡笔记上撕下来的纸杀死了自己的上司和同事。这次事件让L更加的认真起来，他重新组成了搜查本部，夜神月的父亲夜神总一郎坚持留了下来。这次事件有一个破绽，那就是Raye Penber的未婚妻南空直美。南空直美原先也是FBI，对于丈夫的死她持有重要线索，可是不幸的是在寻找L的路上先遇见了夜神月。夜神月使出浑身解数骗出了南空直美的真名，将她送上了断头台。

L的调查逐步推进，嫌疑人的数量也缩减为个位数。夜神月的家被无死角监控和录音，留有先手的夜神月早有觉察，并找到了相应的对策。夜神月将小型电视机放入土豆片的包装袋中，一边看着电视，一边复习功课，给搜查本部造成这样的一个假象：最新报道的罪犯在夜神月不知情的条件下仍然被基拉制裁。

L对夜神月的监控调查失败，但是直觉告诉他夜神月就是基拉的可能性很大。L终于跟夜神月进行了直接接触，一开始就表明自己就是L的身份，并邀请夜神月来搜查本部。由于不知道真名，夜神月只能在接下来的日子里与L展开不断的互相试探。这个时候弥海砂作为第二基拉出现，依附在她后面的是白死神莱姆。弥海砂十分崇拜基拉，她制作录音带以基拉的身份公告世界想引起真正的基拉的注意。搜查总部意识到了有第二个基拉的存在，于是以基拉的名义与第二基拉对话。以笔记为暗号，最终弥海砂找到了第一基拉夜神月，并一见钟情。

弥海砂无脑的爱着夜神月，可夜神月只想利用这个拥有死神之眼的天然呆少女，让她去杀死自己的对手L。没想到，L却先下手为强，将弥海砂监禁了起来。

白死神莱姆不想见到弥海砂受苦便去找夜神月解救的方法。夜神月让弥海砂放弃死亡笔记所有权，这样她关于死亡笔记的记忆就会消失。然后夜神月再次玩弄死亡笔记使用规则，他先将两本笔记的曾经所有权都挂到自己名下，然后将自己的笔记埋起来，另外一本还给莱姆让他去寻找下一个使用者。最后夜神月要求L将自己也监禁起来，以证明自己不是基拉。50天后，弥海砂和夜神月都在监禁中，但是基拉制裁仍在继续，L无奈只好解除两人监禁。

失去死亡笔记相关记忆的夜神月为了彻底洗脱自己的嫌疑，与L一起展开了对基拉事件的调查。莱姆将死亡笔记交到了一个叫做火口卿介的商人手中，火口卿介与想要改造世界的夜神月不同，唯利是图是他的本性。火口卿介组织四叶公司的其他几名高管每周举行杀人会议，为了公司的利益，他们每周都要杀死几个公司的竞争对手。夜神月所在的搜查本部也正是发现了最近基拉制裁的人与四叶公司利益有关，而把目标锁定了四叶公司。机缘巧合之下，假扮成弥海砂经纪人的松田桃太发现了杀人会议的存在，于是基拉嫌疑人最终被锁定在了这7名高管当中。此时，松田也陷入危机，L想出了让松田假死的办法逃过一劫。弥海砂也因为松田的关系与火口背后的死神莱姆接触，并恢复了记忆。在搜查本部各位的活跃调查中，火口卿介最终难逃法网。L以松田为诱饵，引火口动用死亡笔记杀人，最后还是假名救了松田一命。火口落网，死亡笔记的秘密曝露了，大家一个接一个的去触碰死亡笔记，白死神莱姆跃然眼底。夜神月在碰到笔记的一瞬间恢复了死亡笔记的记忆，并用藏在手表里的死亡笔记纸条杀死火口卿介再次获得笔记的所有权。

恢复记忆的夜神月让弥海砂挖出埋在地下的死亡笔记重新制裁犯人，基拉再次复活。弥海砂无疑成了基拉的第一嫌疑人，夜神月早就计划好了，这样做可以让莱姆为了救弥海砂而杀死L，莱姆也会因为这样而死去。夜神月的计划一如死亡笔记一般准确无误，L的真名被写进了莱姆的笔记。莱姆死后，夜神月获得了人间界的第三本死亡日记。

L的死亡无疑宣布了基拉的胜利，夜神月在创造新世界的道路上扫除了第一大障碍。不仅如此夜神月还继承了L的事业，继续追查基拉。世界逐步走向基拉就是法律的黑暗时代。远在英国的孤儿院，L的继承者们已经收到了L的死亡消息，梅罗与尼亚合不来，打算以各自的方式追查基拉，为L报仇。

4年后，日本警方的局长被绑票，绑匪要求拿死亡笔记来交换人质，主谋正是梅罗。另外，尼亚也开始与夜神月这方面接触。为了不让死亡笔记流失，夜神月用笔记杀死了人质，但是梅罗又针对性的绑架了夜神月的妹妹。人质与笔记的交易势在必行，可是梅罗始终占主动，因为有黑手党势力的支持，在飞机航班上做手脚，弄个洲际导弹什么的都不是大问题。夜神月虽然得到尼亚的支持，但笔记最终落入梅罗之手。

失去笔记的夜神月马上展开了夺回笔记作战，他先利用弥海砂的死神之眼搜索黑手党人员的照片，找到了死亡笔记的拥有者，操纵他的死前行为得到梅罗的地址。接着又以基拉的身份把这些信息告诉搜查本部让他们展开夺回行动，并且将第三本笔记献了出来。以防万一，夜神月总一郎与死神交换眼睛参与了此次行动，不但夺回了笔记，还得到了梅罗的真名。不幸的是，夜神月总一郎在这次行动中牺牲，笔记也要还给死神。

梅罗终于意识到了与尼亚联手的重要性，与尼亚展开了4年来的第一次会面，两人共通了关于基拉事件的线索，这让夜神月就是基拉的事实越来越明显。尼亚也在与日本搜查本部交流过程中直言不讳的夜神月可能就是基拉，夜神月再一次被怀疑是基拉，一些搜查本部的成员开始起了疑心。夜神月感觉到了尼亚的威胁相出了一个杀死尼亚的烂招。他计划利用暴民将尼亚逼出大楼，然后让弥海砂用死神之眼盯着。尼亚往大楼外洒出一大堆钞票，然后假装成防暴警察趁乱逃离大厦。此次事件让弥海砂和夜神月的嫌疑加大，夜神月觉得是时候找一个新的代理人了。

夜神月通过网络、媒体找到了最佳的代理人魅上照。魅上照能够完全理解夜神月的行动，作为死亡笔记的执行人再合适不过了。另外魅上照又帮基拉找到了一个新的新闻代言人，碰巧是夜神月的前女友高田清美。两人都是对基拉无比的崇拜，基拉下达的任何命令都会去执行。在被监视的情况下，夜神月先与高田清美接触，通过高田清美来给魅上照下达命令。这两位代言人很轻易的就被尼亚查了出来，夜神月很清楚这一点，两人打算一招定胜负。夜神月料到尼亚会在魅上照的笔记上做手脚，所以事先吩咐魅上照准备一份假的笔记，写名字的工作交给高田清美。梅罗为了确认魅上照手上笔记的真假绑架了高田清美，结果却死在高田清美的死亡笔记纸条上。这个时候失误出现了，夜神月和魅上照都认为要灭口，杀死高田清美。魅上照从银行拿出真的死亡笔记，写上了高田清美的名字。这一切都在尼亚的监控中，于是尼亚让人将银行的笔记掉了个包，连夜赶制每页字迹都一样的死亡笔记骗过魅上照。决战当天，夜神月让魅上照在指定地方偷看，让他写下在场除了他所有人的名字。尼亚当然知道这一切，这样做只能暴露夜神月是基拉的事实，因为真正的笔记在他手里。正当夜神月要宣布自己赢了的时候，其实他已经输了。笔记上唯一没有的名字就是夜神月，夜神月就是基拉，这场对决夜神月彻头彻尾的输了。

胜者为王，败者为寇。这场关于基拉的游戏胜负决定了到底谁是正义的一方。如果夜神月赢了，那么基拉就是正义的一方，反对的都必须死，基拉的存在完全大于法律。如果L赢了，那么夜神月就该是无期徒刑了，被法律制裁自然谈不上正义。基拉事件的成败最终不是依靠单个人就能决定的，轮智商夜神月与L也分不出伯仲。最终还是要看双方的势力了，基拉的势力看起来异常强大有两大死神、第二基拉以及无数崇拜者，而L这边看起来真是势单力薄，连警察都靠不住。然而狼一样的个体毕竟不是输赢的关键砝码，猪一样的队友反而能左右战场。L虽然死了，但是继承者很强大。夜神月这边却尽是些猪一样的队友，死神也不过是个看观。最后的失败也不能全怪罪到魅上照的头上，夜神月本身也有些自负，很多事情也是操之过急，本来一直占主动的优势，结果搞得进退两难。