人体炼成是炼金术师第一大禁忌。艾多利克兄弟为复活妈妈不惜触及禁忌，打开了真理之门，同时身体也付出了惨痛的代价。为了调查找回失去身体的方法，哥哥艾尔考入国家炼金术师，成为了军队的走狗。一系列的调查后，两人找到了恢复身体的办法，那就是贤者之石。无视炼金术等价交换法则的贤者之石并不是他们能追求的东西。这种邪恶的石头需要大量活生生的人来充当炼金材料。艾多利克兄弟顺着贤者之石的线索，最终发现了惊天大阴谋。这个庞大的计划从亚美斯特利斯建国开始便开始实施，勇敢的少年被卷入到这个关系到整个国家人性命的事件中来。艾多利克兄弟联合多方势力，与被称为人造人的生物进行战斗。在实力悬殊的情况下，最终摧毁了敌人的计划。 

斯卡，这个依修巴尔歼灭战的幸存的武僧，内心充满了对亚美斯特利斯人的仇恨，而他复仇的对象正是国家炼金术师，那些杀害他族人和毁灭他家乡的邪恶的存在。不停的复仇，最终让他与钢之炼金术师艾尔相遇，两人在多次交锋后，终于意识到被称为仇恨的东西有多么可怕。在了解到人造人才是毁灭自己家乡的罪魁祸首后，斯卡与艾多利克兄弟联合了起来。

姚琳和小梅是来自新国的外国人，两人都为寻找不老不死的方法来到亚美斯特利斯。不同的觉悟让他们选择了不同的道路，姚琳与人造人格利德合体，成为真正不老不死的存在。小梅得知贤者之石的真相后选择放弃。

军方一直被认为是邪恶势力的大后台，人造人之父利用贤者之石的力量操纵着整个国家的走向。马斯坦上校嗅出了军队的异样，与好友以及部下一起调查军队里的问题。伴随着好友和同伴的牺牲，上校更加坚定了改变国家和保护同伴的意志。同时，他也清醒的认识到孤军奋战的势单力薄。只有更多的依靠身边的人，才能让让自己变得更强大。经过多方协调和部署，马斯坦的反击计划开始了。

动漫中，每个人的目的都很明确，即使清楚等价交换的规律，但谁也没能掌握最后交换的结果。或许大家对自己想要的太过执着，而忽略了背后所要付出的代价。如何才是等价？或许只有真理才能知晓，也许就是真理说的算。